Kovács Zoltán hétéves korától tanult zongorázni, később 13 évesen fagottozni kezdett. Tanulmányait a Bartók Béla Zeneművészeti Szakközépiskolában folytatta, majd 1987-ben felvételt nyert a Liszt Ferenc Zeneművészeti Egyetemre. Ezekben az években írta első zenekari művét (Kísérőzene, 1988) mely szakmai körökben is elismerté tette, és amely a Rádiózenekarral készült felvétellel 1990-ben elnyerte a Magyar Rádió Nívó díját. 1991-ben megnyerte a Magyar Állami Operaház Zenekarának próbajátékát I. fagott helyre. 2001-től az Új Concordia Fúvósötös tagjaként számos hangversenyt adott itthon és külföldön.
Zeneszerzés diplomáját 1995-ban vehette át, ez alkalommal mutatták be Hegedűversenyét. A szólista Soltész Ágnes volt, a Magyar Állami Operaház zenekarát Kovács János vezényelte.
2004 óta a Zeneszerzők Egyesületének elnökségi tagja, ahol a Zeneműkiadói Támogatások Kuratóriumának munkájában is részt vesz. Emellett 1998-tól az Artisjus Jogvédő Egyesület, valamint 2004-től a Magyar Zeneművészeti Társaság tagja. 2018 és 2025 között a Bartók Rádió Zenei Lektorátusának tagja. 2012 óta levelező, majd 2013 óta rendes tagja a Magyar Művészeti Akadémiának, ahol zeneszerzőként és karmesterként is aktív szerepet vállal.
2007-ben Artisjus-díjban részesült fagott-karmester előadóművészi tevékenységért, 2008-ban Istvánffy Benedek-díjjal jutalmazták az év legjobb zeneművéért a 40 év alatti zeneszerzők kategóriájában. 2009-ben Erkel Ferenc-díjat vehetett át kiemelkedő zeneszerzői tevékenységéért. 2021-ben a Zeneakadémia kuratóriuma Bartók–Pásztory-díjban részesítette, mivel munkásságával jelentősen hozzájárult a hazai zenei élet fejlődéséhez és a bartóki szellemiség megőrzéséhez.
